对郭汝瑰和中共的极端秘密联系，杜聿明早有觉察，早在华东指挥作战时，他就得到密报，说郭汝瑰可能和解放军有联系，所以他曾在顾祝同面前表示反对郭汝瑰再次担任作战厅厅长一职，顾祝同不以为然：“你不要疑神疑鬼，郭汝瑰跟我来徐州一年多，非常忠实，事情办得很好。”淮海战役第一阶段时，郭汝瑰随顾祝同前往徐州督战，两个人曾责怪杜聿明不积极救援黄伯韬，杜聿明有难言之隐，他不愿意当着郭汝瑰的面说出自己救援腹案，遂单独找到顾祝同讲了内心的想法，并请他不要同郭谈这个方案。战役发展到第三阶段，蒋介石于12月28日主持会议商讨徐州守军如何行动的问题。当郭汝瑰在“敌我态势图”前陈述徐州守军应向东南方向撤退时，杜聿明毫不客气地打断他的话表示异议。然而，他又不公开自己的计划，而是在小会议室同蒋介石、顾祝同密谈。计划得到蒋、顾的同意后，杜聿明在徐州指挥30万人急速向西南方向突围，企图南下会合黄维一起南撤。撤退途中，蒋介石指令国防部电令杜聿明率部掉回头来继续向解放军攻击，这显然是贻误战机的决策。杜聿明长叹不已，他后来回忆说：“我接到这一电令后，知道蒋介石所以又改变了主意，是被郭汝瑰所左右了。”

　　杜聿明曾直接向蒋介石明述他怀疑郭汝槐是共产党。蒋惊讶地问杜聿明有何根据，杜说我自己已经是比较清廉的官了，可郭小鬼(骂郭汝槐)更是清廉的让人难以理解：他一不好女色，二不贪财，甚至连自己家里的沙发都是打上补丁的！”蒋由于对郭过于信任，在杜聿明走后大骂杜说：“难道我堂堂国民政府的官员都要到处去捞银子才不是共产党，笑话！”

　　杜聿明也曾当着郭汝槐的面大骂：“你郭小鬼定是共谍，发的命令都是把我们往共军包围圈里赶！”郭为了脱身，反指国防部少将作战处长刘斐有“共谍”之嫌。后来不了了之。建国后政协开会，郭刘重逢，才知道刘斐真是货真价实的“共谍”，只是分属不同的系统。郭直属人民解放军军总部，刘则属华野敌工部。有此二人在国民党军作战指挥中枢“卧底”，国军焉能不败。据说后来淮海战役中被俘的国军诸将，始终对此二人耿耿于怀。特赦后这伙人也入了政协，与郭刘“共事”，但见面之时无不怒目相向。后来这些国民党战犯们写《国民党将领淮海战役亲历记》，仍是恨恨不已，不时流露不服之气。

　　对此，杜聿明和郭汝瑰的一番谈话很耐人寻味。当时，两人同在北京出席全国政协会议，杜聿明用手指着郭汝瑰激动地说：“郭汝瑰啊郭汝瑰，我们吃败仗都吃在你手里！”郭汝瑰笑着回答：“各为其主嘛。”

　　更有甚者，杜聿明病逝前，身为政协委员的郭汝瑰去探望。杜聿明抓住郭汝瑰的手说：“我最后再问你一次，你当时是不是共产党？”郭汝瑰断断续续地说：“光亭(杜聿明)啊，我们是属于政见不同……”。杜聿明临死也没搞清楚郭汝瑰的“政见不同”是指的是不同的政党还是不同的政治观点？

　　宜宾起义后，郭汝瑰回到了党和人民的怀抱，踏上了新的征程，先后担任了川南行署委员兼交通厅厅长、中苏友好协会会长等职务。1980年4月，郭汝瑰被重新吸收为中共党员。并正式确定为中国人民解放军副兵团级离休干部。

　　1997年10月23日，刚刚完成《抗日战争正面战场史》和回忆录的郭汝瑰因车祸与世长辞，享年九十岁。中央军委在为他举行的追悼会上，对他作了很高的评价，赞颂他的一生是“惊险曲折、丰富深刻的一生”，“为抗日战争的胜利和人民的解放事业作出了重大贡献”。

　　美国一家报纸曾不无幽默地发表一篇题为《一谍卧底弄乾坤，两军胜败已先分》的文章，其中讲道：“郭汝瑰以国防部作战厅厅长的身份，为国府‘运筹帷幄’之中，却让中共决胜千里之外，真是匪夷所思，一大讽刺。”